公正証書にするメリットはありますか。

あります。一括払いで慰謝料の回収をはかることができず、比較的、長期の分割払いになる場合にはメリットがあるといえます。
強制執行認諾条項を入れた公正証書として、支払いが滞った場合の残額の一括請求条項を合意しておけば、訴訟を提起して債務名義を取得することなく、給与や預金などへの差し押さえが可能となります。